Taberî'ye göre Zekeriyya'nın Rabbine gizli bir sesle/nida ile dua etmesi, riyadan hoşlanmaması ve duasını gizli tutması anlamına gelir. Bu gizlilik, kalbin temizliği ve sesin hafifliğiyle de ilişkilendirilir; zira Allah'ın gizli sesi işitmesi ve temiz kalbi bilmesi vurgulanır.

يعني: وهو مستسر بدعائه ومسألته إياه ما سأل كراهته منه للرياء

Bu müfessire göre metin, Zekeriyya'nın (a.s.) duasında gizli/sessiz çağrının (dua) fazileti ile açık/sesli çağrının farkına işaret etmekte, gizli duanın açık duaya karşı yetmiş kat üstün olduğunu belirtmektedir.

وبين دعوة السر ودعوة العلانية سبعون ضعفا

Bu müfessire göre Zekeriyya'nın duasının gizli olması, duanın en faziletli şeklinin gizli yapılan dua olduğunu göstermektedir. Gizliliğin sebepleri arasında riyadan uzak durmak, ihlasa daha yakın olmak, yaşlılıkta çocuk istemekten dolayı kınanmamak, akrabalarından çekinmesi ve yaşlılık sebebiyle sesinin zaten zayıf olması sayılmaktadır. Ayrıca nida ile hafî (gizli) olma arasındaki görünür çelişki, sesini gücü nispetinde yükseltmesine rağmen zayıflık sebebiyle sesin cılız kalması veya namaz içinde dua etmiş olmasıyla çözülmektedir.

راعى سنة الله في إخفاء دعوته لأن الجهر والإخفاء عند الله سيان فكان الإخفاء أولى لأنه أبعد عن الرياء وأدخل في الإخلاص

Bu metinde İbnü'l-Arabî'nin görüşü nakledilmektedir: Malik kunutu gizli okumuş, Şafiî ise açıktan (cehren) okumuştur; İbnü'l-Arabî'ye göre kunutu açıktan okumak daha faziletlidir, çünkü Peygamber (s.a.v.) kunutu açıktan yapardı.

وقد أسر مالك القنوت وجهر به الشافعي والجهر به أفضل لأن النبي صلى الله عليه وسلم كان يدعو به جهرا

İbn Kesîr, Zekeriyya'nın duasındaki gizlilik hakkındaki farklı görüşleri nakleder: İbn Cüreyc duada sesi yükseltmeyi, bağırmayı hoş görmez ve tazarru' ile boyun eğmeyi emreder. Bazı müfessirler duayı yaşlılıkta çocuk istemenin hafifliğe nispet edilmemesi için gizlediğini söylerken, başkaları (Katâde gibi) gizli duanın Allah'a daha sevimli olduğunu, Allah'ın takva sahibi kalbi bildiğini ve gizli sesi işittiğini belirtir. Bir rivayette ise Zekeriyya'nın gece ashabı uyurken gizlice 'Rabbim, Rabbim, Rabbim' diye seslendiği ve Allah'ın ona 'Buyur, buyur, buyur' diye karşılık verdiği anlatılır.

إن الله يعلم القلب التقي ويسمع الصوت الخفي

Beydâvî, Zekeriyya'nın duasını gizli yapmasının sebebi olarak birkaç ihtimal zikreder: gizli ve açık dua Allah katında eşit olduğu için gizliliğin daha ziyade huzû ve ihlas göstergesi olması, ihtiyarlık döneminde çocuk istemekten dolayı ayıplanmaktan kaçınması, korktuğu yakınlarının/mirasçılarının bundan haberdar olmasını istememesi ya da yaşlılığın zayıflığı sebebiyle sesinin zaten kısılmış olması. Ayrıca bu dua anında Zekeriyya'nın yaşı hakkında altmış, yetmiş, yetmiş beş, seksen beş ve doksan dokuz gibi farklı rivayetlerin bulunduğunu aktarır.

لأن الإخفاء والجهر عند الله سيان، والإخفاء أشد إخباتا وأكثر إخلاصا أو لئلا يلام على طلب الولد في إبان الكبر، أو لئلا يطلع عليه مواليه الذين خافهم، أو لأن ضعف الهرم أخفى صوته